La prospection, aérienne et au sol, ainsi que les fouilles montrent que l’environnement archéologique de la villa d’Escolives est particulièrement riche, avec une occupation humaine attestée depuis le Néolithique. Pour le Néolithique moyen (4500 – 2500 av. J.-C), on a repéré des traces d’habitat : trous de poteau et fossés d’enceinte, ainsi que des sépultures. Plusieurs sites ont été fouillés, sous la direction de R. Kapps, au lieu dit Pré de la Planche. Ils sont aujourd’hui détruits.
Une nécropole de type Passy, en partie fouillée par une équipe franco-écossaise (dirigée par Pascal Duhamel (Ministère de la Culture) et Magdalena Midgley (Université d’Edimbourg)), comportant une dizaine de longs « monuments funéraires » organisés en chapelet, y est associée. Formés tantôt de tertres allongés, tantôt de longs enclos ceints de palissades, ils sont orientés est-ouest.
Pour l’Âge du Bronze (2300 – 800 av. J. – C.), ce sont des enclos circulaires et quadrangulaires contenant des incinérations et une inhumation qui ont été fouillées au Pré de la Planche. Une autre nécropole de l’Âge du Bronze a été fouillée avant l’exploitation du lieu en gravière, en 1986, en archéologie dite de sauvetage, par Sylvie Defressigne. Elle se situe à La Cour Barrée.
Une sépulture de Hallstatt et des sépultures datées de La Tène, ou 2ème Âge du Fer
(850 – 52 av. J. – C.), ont également été découvertes, au Pré de la Planche. Des vestiges de La Tène ont également été mis au jour sous les vestiges gallo-romains de la vaste villa, mais ne permettent pas de reconstituer la ferme indigène qui a précédée celle-ci.
À la période gallo-romaine, une imposante villa, avec sa partie privée (pars urbana) et sa partie agricole (pars rustica), s’étendant sur plus de quatre hectares, est implantée à proximité de la voie d’Agrippa. Celle-ci relie Rome à l’Angleterre via Lyon et Amiens, en passant par le port de Boulogne-sur-Mer. Le tracé de l’actuelle RN6/RD 606 reprend par endroits cette voie, mise en place à partir de 19 av. J. – C..
Dans le courant du Ve siècle, la villa semble abandonnée au profit d’habitats en hauteur, là où se trouve l’actuel bourg. Une nécropole mérovingienne s’installe alors dans les ruines.
En près de quarante ans de fouille aux lieux-dits « Grippe-Soleil » et « Champ des Tombeaux », 354 tombes mérovingiennes ont été inventoriées : inhumations en pleine terre, dans des sarcophages de pierre (une trentaine) et également peut être dans des coffrages de bois. Un abondant mobilier constitué principalement d’éléments d’habillement ou de parure (fibules, plaque-boucle de ceinture, perles de verre, etc.) a été découvert en association directe avec les inhumés ou dans l’environnement des tombes. Son étude et celle des sarcophages nous apprennent que la nécropole a été utilisée entre la fin du VIe et le VIIIe siècle de notre ère. Les inhumations se trouvent au nord des constructions antiques. Elles sont également directement implantées dans celles-ci. Bien que d’autres sarcophages aient été mis au jour près de l’église Saint-Pierre et Saint-Paul, rien n’indique qu’il s’agisse là de l’extension maximale de la nécropole, mais plutôt de deux zones funéraires distinctes à l’origine. La mention du toponyme « Scoliua » dans le règlement liturgique d’Aunaire (585 – 592) est rattachée à la paroisse, l’une des plus anciennes de l’Yonne. Certains chercheurs avancent également l’hypothèse d’un oratoire, originellement privé, installé dans la villa, qui fut reconnu comme paroisse par l’Église avant la fin du VIe siècle.
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